发票超过抵扣期未扫描怎么处理?

可以到国税局开红字发票证明单,带上这张发票和公司财务章,去找税管员,他会告诉你怎么开.

没有别的办法，现在国税对这种情况抓的很严

去找你专管员肯定会被骂的,像我们那该死的专管员......

把税金进成本或费用吧.你如果能给对方退回去重开既可以解决了,不过,对方好像没有办法开红字冲了,所以这部分税金不是你们承担就是对方公司承担了

没办法,只能做成本了.

如果是因为超过90天没有抵扣，是没有办法开具红字发票通知单的，也就没有办法重新开具发票，抵扣进项税。
国家税务总局的《关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》 国税发〔2007〕18号，可能会对你有帮助。