IE的收藏夹放在硬盘哪个文件夹？能不能通过运行打开它？

可以。
运行C:\Documents and Settings\（你的用户名）也就是当前用户名\Favorites
加上你的名字，运行就可以直接打开文件夹了。
也可，运行里输入Favorites即可打开

X:\Documents and Settings\user name\Favorites
X为你的系统盘盘符
user name为你的用户名

点击收藏夹选项，鼠标移至链接文件夹，右键打开，上一页即是所有收藏内容

C:\Documents and Settings\user name\Favorites