妹妹公主第二部哥哥是不是没和妹妹们住在一起？

是的。
海神航和12个妹妹都是分开住的。

妹妹公主第二部《妹妹公主Repure》实际上是妹妹公主的一个OVA，基本上每一集都只对应一个妹妹，妹妹们就不像第一部那样有太多的集体活动（例如：运动会、表演话剧、出游……）。
而且，在妹妹公主的GBA游戏中，妹妹们也是分开住的。
所以动画中大家就分开住了。

是，都分开了

是的

海神航和妹妹分开了

第2部都是每集以一个妹妹为主的