认购权证行权后正股的总股本是否会增加？

你的理解是正确的。
如果是上市公司发行的股本权证是会增加总股本的。
但是我们现在的大部分权证是属于股改权证，这样的权证不会增加总股本。
增加的是正股的是大股东从自己的股份里划拨出来的。

不会，因为机构发行某种股票的权证，必须将所发行数额的权证相应的股票数量抵押冻结，到行权时以当使得股价卖给行权者，发行人自负盈亏，所以总股本不会增加。