农业企业销售自产的初级农产品要不要交企业所得税.

大原则（简单地说）是：可以不要交企业所得税；但是是有手续要办的，因为国家不允许企业自己认定自己免税！
根据《新企业所得税法》第二十七条 企业的下列所得，可以免征、减征企业所得税：

（一）从事农、林、牧、渔业项目的所得；

（二）从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得；

（三）从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得；

（四）符合条件的技术转让所得；

（五）本法第三条第三款规定的所得。
再根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十六条，其中，上述本法第二十七条，第一项规定的企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征、减征企业所得税，是指：（1）企业从事下列项目的所得，免征企业所得税：1.蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；2农作物新品种的选育；3中药材的种植，4林木的培育和种植；5牲畜、家禽的饲养；6林产品的采集7灌溉、农产品的初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；8远洋捕捞。
所以这个问题具体要看您从事的是哪一项，再详细的，您可以查一下税法，不过，第二十七条，第一项规定的已经非常完整了。
申请：

首先根据国税函【2009】255号文件，你公司销售初级农产品的免征企业所得税优惠实行备案管理。
其次根据国税发【2008】111号文件，具体的备案管理办法由各省自行制定，因此您得问您的主管税务机关要申报些什么资料。主要是各地要求的资料不同，程序比较简单，您把他们要的资料准备好一套或几套给他，他们给你个回执就可以了。
最后具体计算所得税的时候，您将免税收入从收入总额里减除就可以了。

　　农业企业销售自产的初级农产品不交企业所得税。
　　根据《企业所得税法》第二十七条 企业的下列所得，可以免征、减征企业所得税：

　　（一）从事农、林、牧、渔业项目的所得；
　　（二）从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得；
　　（三）从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得；
　　（四）符合条件的技术转让所得；
　　（五）本法第三条