实际工作单位是甲,但甲公司却把我的劳动合同签在了有关系的乙公司,在未告知的情况下,这样做是否属于违规?

当然的，甲单位这样的做法是不符合劳动法规定的。劳动合同是要双方签字盖章的，你本人在签订劳动合同时，没有注意到盖章的是哪个单位么？如果合同已经签订，那么从理论上讲，你就是乙单位的职工了。
还有一种情况，这个乙公司是否为人力资源服务公司？若是，那么甲单位的做法就是不违法的，你依然是乙公司的人，被派到甲公司工作，这种用工形式现在也很普遍了。