我想参加自考，3月份开学上自考学校跟得上吗？还是在等半年9月份从头学？

当然可以去读啊，如果是在学校读自考的话，你3月份去读也就是读人家的下半学期了，你7月份也就考下半学期学的课程。
至于上半学期的课程你没学过也没去考，你就可以等你把你其他课程学完考完之后，再跟着下一届的新生一起读上学期的课程。你可以给学校说一下，学校可以给你安排的。我们班就有3个是下学期才插进来的。