我的户口为什么不能和老公的户口落在一起？

非农户口可以改回农业户口，需要到大队开个证明，然后再到县户籍管理处去改，但这次改回来之后以后是不能再改了，我现在正在纠结中到底要不要改过来，现在老婆的户口也没办法迁过来，孩子的出生证明一直办不下来，也不知道把孩子户口是跟着我还是跟她妈

这个没办法，一个户口簿上不可能存在两种性质的户口。而你的户口又不能变为农业户口。
现在全国有好多城市都取消了农与非农户口的区别（我们这儿两年前就改了），而统一叫作“居民户口”。估计你们那儿实行这种改革也是很快的事情。
再等一段时间吧，到那时就没有这个限制了。
其实户口不迁到一起也有好处，将来有了孩子，可以随任意一方落户口，有选择余地。