测量高度距地面1000米左右的目标时要不要考虑大气折射影响呢

不用。
在楼主所说的测量过程中，观测者、观测仪器、被测物体，均处于空气中，所以不用考虑空气折射率的影响。所谓折射率，是指光从一种介质射向另一种介质时发生的偏转现象。现在光一直处于同一介质中，不存在折射现象。

其实，对于楼主描述的测量情形，影响最大的环境因素是光的扰动。空气受热不匀，于是空气的温度场不匀，各点空气的密度不一致，引起空气各点的折射率不一致，使得光线在穿过空气时发生偏转现象，而这种偏转是处处出现的。
另外，空气的流动也带来空气的扰动，同样会引起光线的偏转，且这种偏转是不稳定的，随时间变化而变化。
空气的扰动带来的观测误差是没办法修正的，只能采取多次测量、选择合适的观测时间等来降低。
到底要不要考虑空气扰动带来的测量误差，和楼主要进行的观测的精度要求有关系，绝大多数情况下不用考虑。

补充答案：
对于楼主所描述的距离1千米照相的问题，根本无须考虑空气带来的误差。
现实中：炮手瞄准远处的目标，距离要远大于1千米，不用考虑空气影响；
炮兵使用光学仪器观测弹着点，距离远大于1千米，无须考虑空气影响；
在地面采用电影经纬仪，对卫星、绕月探测器等目标进行观测，距离更是远远大于1千米，也不用考虑空气影响。

所以，楼主的情形，无须考虑空气影响。

完全不用,空气扰动所引入的误差应该在1cm以内,对于1000m的距离来讲应该可以忽略不计,夏天50度的时候在武汉长江大桥上测桥的时候测100米空气扰动远不到1mm,我相信应该可以不考虑.

要的，但主要是要关注当时的气象条件