怎样判断一全长基因的5'端已经到头了?

到ncbi的网站上
找出你基因的序列
和你得到的序列比对一下
就知道了

你克隆的设计引物的时候
应该就是从5'端开始设计的啊
还有5'端应该是atg起始的

电泳检测大小呀．你不是克隆出来的吗？克隆的引物决定了你的长度，一般来说你克隆出的结果就是你要的长度，不放心就电泳检测一下它的大小．
相当教程：http://xbingfeng.go2.icpcn.com/bio.doc