司机因公事在出车中发生事故，掏的赔偿款公司是否应该报销

根据《道路交通事故处理办法》规定：机动车驾驶员在执行职务中发生交通事故 负有交通事故责任的，由驾驶员所在单位或者机动车的所有人承担赔偿责任；驾驶员所在单位或者机动车的所有人在赔偿损失后，可以向驾驶员追偿部分或者全部费用。

“执行职务”，是指驾驶员在工作或生产过程中履行驾驶职责的行为，其行为是受所在单位或者机动车的所有人(委派人)认可的。

如果要是没多少钱就算了吧，要是钱多的话倒是可以和单位交涉，但是这种情况可以通过保险挽回你的损失（前提：你必须有交强险）。
在交通队交付赔偿款的同时让交通队出具一个过款证明，然后向保险公司报案，之后你的车也可以修，你的赔偿金也能够得到保险公司的理赔。

这个应该就是单位行为了，可以报的。
但你有另外的顾虑就别讲了。

私了的事故保险公司一般不认可，调解的能够认可，但要有合法的调解书，单位要看领导的意思，要你个人赔也没什么不对。