省公安厅厅长和边防总队队长级别一样吗？

不是，厅长的级别高。

边防总队又叫“GA厅边防局”（那两个字母是拼音缩写，将就看吧），光看这名字就知道公边总队是GA厅的下属机构了。
公边总队是由省厅和GA部四局共同领导的，所以GA厅是总队的领导机关之一、厅长是总队长的领导之一。

说点其他的
GA部的现役和非现役单位的领导是经常会相互交流对调的，正厅级的调调到现役就是正军（比如装财局局长调任消防局政委）、正军的调到非现役就是正厅（比如消防局政委调任纪委副书记），这说明在GA系统内部、正军和正厅是平级的。
公边总队一般是正师级、最大高配副军级，也就是说总队长要么是正师职、要么是副军职，这都比正厅要低，因为正厅是和正军平级的。