法院调解书和公证书发生冲突是改采用那种文书

其实是没有搞清楚问题的关键。
这个时候不是看法院文书与公证文书哪个效力高。
其实，公证书是5年前双方合意协商的产物，而现在的调解书也是双方合意协商的结果。那么，既然都是双方真实的意思表示，那可定是后一个合意结果优先了。
说白了就是即便当初的合意是公证过的，但是如果当事人间一致同意变更，也是可以变的啊。意思自治嘛。
这个不是那个机关文书的效力高低问题，而是新约定取代旧约定的问题。

如果是当事人双方自愿对协议进行变更所达成的调解书应该有效。

如果后一份调节书发生法律效力后，调节书为准。

如果是出于自愿,只要当时人双方到公证机关直接申请变更或者撤消当时的公证书就可以了,否则的话,法院应该是不受理的.