部屋に 机 が ぁります可不可以变成 部屋は 机 が ぁります。有什么区别。

有区别，
在屋子里有桌子
有桌子的屋子
第2句屋子成了主语。第一句桌子是主语

不可以。
某个地方有某个东西。
那么这个地方必须用代表方向的助词に。

某个地方存在某个东西。
那么这个东西的助词必须是が，并且接存在的动词ぁります。

が是提示存在性的格助词，不可以省略。

你说的两句话意思虽然一样，但是强调的内容不一样。前者是强调屋里有桌子。后者则强调有桌子的屋子。