分子生态学的疑惑

分子生态学是微生物学的一个领域，利用分子生物学方法研究微生物生态学。比如研究某些基因在环境中的存在和分布。 由於很多微生物不能很容易地在实验室中培养（海水中的0.001~0.1%，土壤中的0.3%左右，活性污泥中1~15%可被分离培养），因此不能用传统的鉴别和描述菌株的办法研究它们。另外，随著聚合酶链式反应(PCR)技术的发展，人们可以快速扩增遗传物质DNA。 环境样品中DNA的扩增通常需要一组用於特定微生物的引物，而得到遗传物质的混合物，将其分离，随后进行测序和鉴别。经典的分离办法是通过克隆，将扩增的DNA片段插入到细菌质粒上实现的。较新的方法包括变性梯度凝胶电泳(DGGE)，可以更快地得到结果。 分子生态学的发展也和DNA芯片的使用紧密相关，该技术可以高通量检测环境中的特定生物或基因。 分子生态学中可以使用很多基因进行研究，在分类学角度，最常应用的基因是核糖体小亚基RNA(SSU rRNA)。而功能性基因的研究有助於判断微生物在该环境中的活动。 微生物生态学中和分子技术相关的一个重要问题就是，这些生物以主动（进行正常代谢和繁殖）还是被动（静息休眠）的方式存在。这可以用几种方式来解决：
- 利用逆转录酶扩增活跃的基因
- 用荧光原位杂交(FISH)对环境中包含特定基因的细胞进行检测和计数。 Category:微生物学 Category:生态学
分子生态学是应用分子生物学的原理和方法来研究生命系统与环境系统相互作用的生态机理及其分子机制的科学。它是生态学与分子生物学相互渗透的形成的一门新兴交叉学科，其研究内容包括种群在分子水平的遗传多样性及遗传结构，生物器官变异的分子机制，生物体内有机大分子对环境因子变化的响应，生物大分子结构、功能演变与环境长期变化的关系以及其他生命层次生态现象的分子机理等。分子生态学理论和方法对传统学科有巨大促进作用，同时，对解决诸如转基因，克隆技术应用中的生态安全、环境与人类健康等重大问题，产生深刻影响。
随着分子技术和其他传统学科的越来越紧密的联系和渗透，分子生态学在各个学科也越来越成熟。下面就环境微生物方面，谈谈几点看法：就现在看来，微生物在分子生态学方面主要应用DGGE，FISH，PCR等分子技术研究微生物群落的种群组成和他们的空间分布以及对环境物质和能量的流动的影响。DGGE是一种