myeclipse6.0应该配合怎样的环境

myeclipse版本只限于eclipse的版本.比如:myeclipse5.5配eclipse3.2
myeclipse6.0配eclipse3.3
而tomcat版本配IE.tomcat5.0以下配IE6.0
tomcat5.5以上配IE7

可以

能运行 一点问题都不会有.

没问题。你只要在myeclipse里把JDK的路径和TOMCAT的路径，版本都选择一下就可以了

一般情况不会有问题，
摧荐：myeclipse6.0 + tomcat 6.0 + jdk1.6;
或者：myeclipse5.5 + tomcat 5.5 + jdk1.5;