为什么卖了1000元的货物，给对方开了10000元的发票。对方就可以多抵扣9000元的税款。

对方不能多抵扣9000元，这9000是销售额。对方只是在计算所得税时费用增加了9000，对企业所得税有影响。
但是开票方给购买方开了10000了，对开票人是有影响的，你开了10000应缴的增值税是291元(10000/1.03*3%),如果你的核定税款少于这个291,那你就要补税款了.

那开票的一方应该是定期定额纳税的,要不就该亏了啊.

多抵的税款肯定不是增值税。你说的这种开发票的方法应该是手写发票，对方入账时作为费用成本入账，这种可以增加成本费用减少应纳税所得额，利润少了所得税当然要少了

也许对方需要而你方收了税费呢？