两个月工资一起发了，个人所得税的基点是怎么算的？

合法，但不合理。
按照《中华人民共和国个人所得税法》第一条的规定，在中国境内有住所，或者无住所而在境内居住满一年的个人，从中国境内和境外取得（注意“取得”两字）的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。在中国境内无住所又不居住或者无住所而在境内居住不满一年的个人，从中国境内取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。
所以个人所得税的纳税义务发生时间发生于取得工资薪金，没有取得（包括延误发放）就不存在纳税义务，所以你们公司的操作是对的，但合并工资计算个人所得税却又是错误的，估计还是对税款所属期理解错误。假如2006年1月、2月的工资在2006年3月的时候一起发放，那2006年1月、2月的工资税款所属期均为2006年3月，申报期为2006年4月7日前，但不能合并计算。
你们单位合并计算估计是：把2006年1月的工资税款所属期理解为2006年1月，把2006年2月的工资税款所属期理解为2006年2月，但在2006年3月申报缴纳的时候2006年1月的个人所得税已经逾期，造成罚款，所以为了避免罚款而错误把两个月的工资合并计算，税款所属期为2006年2月。

不合理，也不合法，在我税务部门针对拖欠工资办法是：如果当月有特殊原因不能按时发工资的，企业应该根据员工应发工资按时申报缴纳个人所得税，待发工资时再扣回。由于你企业的操作不当，这部分税款是不应该由个人承担。

如果你们的工资，是按月分开做的，而上月确实没发工资。那么这样扣税，不合法，也不合理。

合法，但是不合理。

按法律规定是应该这样算，但是这样极不合理。不过也没办法，总得有一个月给你补上工资，只要补发上月工资就会这样计算，所以也只能这样了，公司也没办法

你们单位SB，跟我们单位一样，发个奖金分几个月发，但是制作表时候造一起，交好多税。坑人啊。

你这个是个人意外所得税的制度
这是不合理的,因为这些是你的工资,必须由雇佣你的那一方来承担