早起后发现腋下3厘米处疼痛，连后背左上方也痛，深呼吸时也有疼痛感，是什么原因呢

你喝酒吗？也许和这个有关.
你右侧胸痛，在深呼吸、咳嗽后疼痛加重，最可能的原因有：
1、胸壁肌肉痉挛：
常因长时间姿势不正、弯腰、扶案，剧烈或持续咳嗽等，引起胸肌劳累痉挛所致。闪腰、岔气也属此种情况。局部有压痛，咳嗽、深呼吸可加重。
2、肋间神经痛：
疼痛常沿肋间神经分布，呈刺痛或灼痛，转身、深呼吸、咳嗽可加重。
3、胸膜炎也可引起胸痛，但疼痛部位多在腋下或腋中附近，常伴有低热、咳嗽、呼吸浅快等。
你经胸部检查未发现明显胸肺异常，则不必太担心，可按胸壁肌肉痉挛对症治疗：
如给予局部热敷、按摩、理疗、伤湿膏外贴等，局部肌肉痉挛，按摩有良好的效果。必要时服用抗炎止痛药物，如 戴芬 1粒 日1 次， 芬必得 0.3 日2 次服。

如效果不佳时，应再及时检查，除外其它疾患。