C#或者C++写出来的程序能直接放在windows系统的手机上正常运行吗？

可以呀，用C#的智能设备编程就行，C++.Net也有智能设备编程，建议用.Net framework 2.0来写智能程序，这样兼容性应该会比较好

只要你是用该系统提供的API就行了
C#不太懂，但是C++去到什么系统都行的，不过得调用该系统的API，选择合适的编译器

C#肯定不行！
C++就不知道了，看你怎么写。